Centros de Integración Juvenil tiene establecidas concertaciones a nivel nacional y local con los sectores de salud, educación, gobierno, justicia, laboral, comunicaciones y social, así como con organismos no gubernamentales, descentralizados y paraestatales.

Las acciones de coordinación interinstitucional que CIJ lleva a cabo tienen el propósito de reforzar la penetración de sus programas de atención de las adicciones.

Como resultado de este esfuerzo, existen 2 mil 456 concertaciones vigentes, de las cuales 36 son convenios de carácter nacional y 22 tienen cobertura en el Distrito Federal. Los programas de trabajo derivados de estas concertaciones son operados a través de la red de servicios con que cuenta la institución. Las 2 mil 3398 concertaciones restantes, corresponden a los acuerdos y convenios específicos que cada unidad operativa de CIJ establece en su región. De ellas, el 79% corresponde al sector público, 13% al privado y 8% al sector social.