La transversalización refiere a la incorporación de la perspectiva de género en el quehacer institucional; en CIJ se realizan esfuerzos para que en todas las acciones que emanan de los programas y proyectos institucionales, se permee la equidad de género garantizando que los saberes, las tareas y los recursos atiendan las necesidades e intereses de mujeres y hombres en el terreno de la prevención y el tratamiento-rehabilitación de las adicciones; así como en la capacitación e investigación.

La transversalización se trabaja tanto al interior como al exterior de la institución. Al interior se ha conformado un Comité de Género, integrado por responsables de las áreas de la institución, cuyo objetivo es incorporar los contenidos de la perspectiva de equidad de género en los programas y proyectos que les competen. Asimismo, se llevan a cabo procesos de sensibilización y capacitación del personal de todas las áreas, acciones que pretenden que en el trabajo cotidiano se incida en la reducción de la desigualdad social estructural que viven las mujeres. Al exterior se desarrollan acciones con instituciones como el Instituto Nacional de las Mujeres, el Instituto de las Mujeres del Distrito Federal y otras instancias, para colaborar y aportar en las políticas de equidad de género.